Inicia con los primeros pobladores del actual Valle de Los Chillos, quienes se habrían asentado en la zona del Inga, que comprendía el actual cerro Ilaló, hace más de 11.000 años A.C.. Avanzando el siglo XV aproximadamente, los Quitu-Caras, amos y señores de la antigua ciudad de Quito, emigraron al valle, debido a las bondades de su clima y sobre todo a la riqueza de su suelo. Para el año de 1460, empezaron a llegar los incas denominados "Mitmakunas" (indígenas desterrados de su tierra cuando se oponían a la conquista incaica). Se dedicaban principalmente al comercio. Los indígenas dividieron a esta región en Anan Chillo o chillo alto, que es el actual Conocoto y Urin Chillo o Chillo bajo, que ahora es Sangolqui
En 1534 en la lucha contra los conquistadores y junto a Rumiñahui muere el cacique Quimbalembo de Chillo al defender su valle. Juan Sangolquí fue el cacique sucesor y una de las más ilustres personas indígenas de principios de la época colonial alrededor de 1580, las órdenes religiosas de la Compañía de Jesús, la Merced y San Agustín, adquirieron extensas tierras en Chillo convirtiéndolas en haciendas, muchas de las cuales se conservan en la actualidad. El poblado central de Urín Chillo creció hasta convertirse en la ciudad de San Juan Bautista de Sangolquí, nombre español dedicado a Juan el Bautista y al cacique Sangolquí.
La región se dedicó a la producción del afamado "maíz de chillo" (de grano grande y amarillo), por lo cual recibió él calificativo del "Granero de Quito". Luego de la expulsión de los Jesuitas de América a finales del siglo XVIII, muchas de las haciendas pasaron a manos de familias adineradas. Es el caso de la Hacienda de Chillo Compañía, propiedad de Juan Pío Montúfar, conocido como el Marqués de Selva Alegre y héroe de la independencia ecuatoriana, oriundo de Sangolquí. Otras tierras fueron adquiridas por el español Pablo Sosa quien decidió instalarse en la zona después de las guerras de independencia, aún tiene descendientes en la zona. Fue en este valle donde en 1809 se reunieron los patriotas para conspirar contra la corona española y el sitio donde las tropas del mariscal Antonio José de Sucre tuvieron algunas batallas preliminares, gracias a la ayuda del indígena Lucas Tipán, que finalizaron con la Batalla de Pichincha de Quito, el 24 de mayo de 1822.